Баганская спортивная школа была создана при Баганском районе в 1978 году. С самого начала в школе работало два направления подготовки молодых спортсменов: отделение лёгкой атлетики и отделение футбола.
Некоторые события из истории школы:
В 1979 году для школы построили спортивный зал.
В 1980 году, в год проведения Московской олимпиады, школа получила современное спортивное ядро, которое включало в себя стадион, крытый легкоатлетический манеж и хоккейную коробку.
С 2011 года школа имела статус муниципального казённого учреждения дополнительного образования детей.
В соответствии с постановлением администрации Баганского района от 29.09.2015 №620 учреждение переименовано в Муниципальное казённое образовательное учреждение дополнительного образования детей Баганская детская юношеская спортивная школа.
